งานสอบบัญชีสหกรณ์มีขึ้นเป็นครั้งแรกในปี 2460 หลังจากสหกรณ์ได้จัดตั้งขึ้นแล้ว 1 ปี โดยกำหนดให้อยู่ในความรับผิดชอบของแผนกการสหกรณ์ กรมพาณิชย์และสถิติพยากรณ์ กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ จากนั้น ก็มีการยกฐานะและเปลี่ยนแปลงสังกัดของหน่วยงานเรื่อยมาจนกระทั่ง วันที่ 12 มีนาคม 2495 จึงยกฐานะเป็น "กรมตรวจบัญชีสหกรณ์” สังกัดกระทรวงการสหกรณ์ ต่อมา ในปี 2506 เปลี่ยนไปสังกัดกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ และในปี 2515
       จึงโอนมาสังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์จนถึงปัจจุบัน ระบบการตรวจสอบบัญชีสหกรณ์ แต่เดิมผู้สอบบัญชีจะรวมกันอยู่เฉพาะในส่วนกลางเมื่อนายทะเบียน มีคำสั่งแต่งตั้งผู้สอบบัญชี ในแต่ละปี ผู้สอบบัญชีก็จะเดินทางไปตรวจบัญชีสหกรณ์ในความรับผิดชอบของตนทั้งในส่วนกลางและต่างจังหวัด ซึ่งปกติ จะกระทำได้เพียง 1 – 2 ครั้ง เท่านั้น จนกระทั่งในปี 2524 กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ได้เริ่มกระจายงานตรวจสอบบัญชีไปสู่ภูมิภาค โดยจัดตั้ง " สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ ” ประจำจังหวัดต่าง ๆ ขึ้นเพื่อปรับปรุงระบบการตรวจสอบบัญชีให้มีความสะดวก และสามารถให้ความช่วยเหลือ แนะนำด้านการเงินการบัญชีแก่สถาบันเกษตรกรได้อย่างใกล้ชิดยิ่งขึ้น
      ในปัจจุบัน กรมตรวจบัญชีสหกรณ์สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ประจำอยู่ทุกจังหวัด ทั่วประเทศ โดยมีสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ระดับภาคทั้งสิ้น 10 สำนักงาน ทำหน้าที่ควบคุมดูแลการปฏิบัติงานของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ สำหรับงานตรวจสอบบัญชีสหกรณ์ในส่วนกลาง (กรุงเทพมหานคร) กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ได้จัดให้มี " สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์กรุงเทพมหานคร ” รับผิดชอบโดยเฉพาะ
      จังหวัดศรีสะเกษ ได้รับการพิจารณาจากกรมตรวจบัญชีสหกรณ์ จัดตั้งเป็นจุดปฏิบัติงานในส่วนภูมิภาคเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2525 โดยมีที่ทำการเป็นอาคารเช่า 2 ชั้น เลขที่ 019/1-2 ถนนเทพา อำเภอเมือง จังหวัดศรีสะเกษ และในเดือนกันยายน 2526 ได้ย้ายมาอยู่ที่อาคารไม้ 2 ชั้น เลขที่ 2 -3 ถนนศรีสะเกษ – กันทรลักษ์ อำเภอเมืองศรีสะเกษ จังหวัดศรีสะเกษ จากปริมาณงานที่เพิ่มขึ้นประกอบกับสถานที่คับแคบ กรมตรวจบัญชีสหกรณ์จึงได้จัดสรรงบประมาณในปี 2536 ให้ก่อสร้างที่ทำการถาวรเมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ 2537 อยู่ในความควบคุมดูแลการปฏิบัติงานของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ที่ 4 (อุบลราชธานี)